El 20 de marzo de 1861 un fuerte terremoto castigó a la provincia de Mendoza, dejando más de 6.000 muertos. Por iniciativa propia, Gertrudis Funes viajó hasta la vecina provincia para ayudar a las víctimas. Para ello contrató dos carretas y las llenó de mercaderías.
El Hospital de Mujeres “Hospital San Roque”, concebido y soñado por Gertrudis, fue uno de los hospitales más importantes del país y uno de los dos hospitales de la provincia fundado por mujeres. Por eso, la plaza ubicada allí donde funcionó por casi 90 años lleva el nombre de Gertrudis Funes. Fue fundado en 1865 en un terreno de casi un cuarto de manzana frente a la calle San Luis y Aberastain. El terreno poseía dos casas y fue donado por la misma Gertrudis. Lo funda ante la necesidad y posibilidad de recibir subsidio del Gobernador para poder ayudar particularmente a las mujeres de la Provincia de Mendoza. En el hospital funcionaron a través del tiempo las primeras especialidades médicas, se inició la cirugía mayor en San Juan, se usó por primera vez el cloroformo en las operaciones quirúrgicas, se realizaron los primeros estudios de sangre, se hicieron los primeros estudios de enfermedades venéreas y se instaló la primera maternidad que hubo en San Juan. Allí se empezó con la estadística y seguimiento de los enfermos, se fundó una Escuela de Enfermería y contó con el primer aparato de Rayos X de San Juan. Además, fue pionero en la lucha contra el cáncer; se dotó al hospital de una biblioteca informativa para sus médicos y trabajaron médicas mujeres por primera vez.
El 31 de agosto de 1868, Gertrudis Funes falleció, posiblemente contagiada de cólera.